Również Kościół Polski zamieszany był w wysiedlenia. Zamiast podnieść wskazujący palec, by wypowiedzieć się przeciwko takiemu postępowaniu, w milczeniu przyjmował sytuację panującą na Śląsku czy też sam doprowadzał swoimi dążeniami do wypędzenia kleru i wiernych.
9 stycznia 1947 r. Administrator Apostolski ks. Kominek wysłał list do Prymasa Hlonda, w którym pisze: „Uprzejmie donoszę, że w sobotę, dnia 21 grudnia 1946 r. został wysiedlony z Branic, pow. Głubczyce, na teren Czechosłowacji Jego Ekscelencja Ks. Biskup Józef Nathan (...) Ks. Biskup Nathan nie stawił i nie chciał stawić wniosku o polską narodowość i obywatelstwo polskie, które byłby otrzymał, będąc pochodzenia śląsko-morawskiego z powiatu głubczyckiego. Na jego prośbę wysiedlono go nie do Niemiec, lecz do sąsiedniej, czeskiej Opawy. Leżał chory w łóżku, ale wstał, ubrał się i został autem wywieziony do polskiej granicy - bez żadnych manifestacji ze strony ludności”.